[Rustem85]

Сейчас пробег 4300. Практически все вышеописанные проблемы ушли кроме шума от кпп. По общим ощущениям коробка заметно лучше чем на преидучей калине, но по длине рабочих ходов и усилиям включения передачи хуже чем та же шестиступка киа-хендай. С машиной ничего не делал.
Возможные причины
1) с 3000 начал ездить как обычно. До 3000 ездил - как бы обкатка - в щедячем режиме
2) сцепление приработалась под мою езду.
3) стало теплее. Хотя зима тоже была не холодная - качели около ноля

В обычном(город) режиме переключаюсь с сцеплением на пол педали но иногда забываешся и на треть педали начинаешь переключать и бывает хруст на второй передаче. Но этот хруст естественный(глухой звук) совсем не такой как на обкатке было.

Все таки лучше обкатайте машину прежде чем что либо делать.