Недели 3 не заводил, машина на котле 220 и сразу не завелась

[Тартарен]

Откуда ЭБУ узнает, что котёл выключился? С какого о момента он должен отсчитывать 5-7 минут?

Эбу ничего не узнает, не надо все на электронные мозги перекладывать, свои включать надо.

А в данном случае, холодную железяку начали нагревать и внутри образовался конденсат,

Во первых, конденсат образовывается наоборот, при охлаждении теплого воздуха, точка росы понижается. А во вторых, чтобы образовался конденсат должен быть достаточно большой объем воздуха. Сколько там у нас в камере сгорания этого воздуха будет? Однозначно маловато, чтобы свечи залить.